Quando o jovem sai da unidade provisória e é direcionado para a internação por determinação judicial, ele segue a rotina deste programa. Nele, existem fases pelas quais o adolescente passa na medida em que progride em diversos fatores – como comportamento e tempo de cumprimento da medida. São elas: Inicial, Intermediária, Intermediária Avançada e Conclusiva.

Na fase Inicial, que é o momento em que o jovem dá entrada na unidade, ele tem escolarização dentro da unidade, recebe atendimento psicopedagógico e participa de programações de esporte e lazer. Além disso, sempre que há disponibilidade, são oferecidos cursos de capacitação nas mais diversas áreas.

Na fase Intermediária, a rotina dos internos é parecida, porém, com a progressão da fase, eles têm algumas vantagens, como um período maior para o lazer ou a possibilidade de se recolherem um pouco mais tarde. Além disso, as atividades podem ser feitas em grupos maiores.

Na fase Intermediária Avançada, além dos ganhos das fases anteriores, os jovens têm a possibilidade de passar mais tempo com outros, nos momentos de alimentação ou banho de sol.

Já na fase conclusiva, os benefícios aumentam, tendo em vista o bom comportamento e a necessidade de reintegração ao meio social. Nesta fase, os jovens podem transitar dentro da unidade sem a necessidade de algemas e alguns conseguem o benefício de estudar em escolas fora da unidade, ação que é concedida através de autorização judicial.